 |  |  | |
|
| |||
Протеомика Протеомика — исследование белковых молекул, их аминокислотной последовательности, пространственной структуры, посттрансляционных модификаций. В центре это направление представлено оборудованием для масс-спектрометрии, хроматографии, анализа биомолекулярных взаимодействий.
Имеющееся оборудование для масс-спектрометрии может быть использовано для поисковых и полуколичественых исследований, идентификации одновременно нескольких белков или пептидов в составе сложных смесей, определения аминокислотной последовательности белков, наличия посттрансляционных изменений, выявления и идентификации биомаркеров различной органической природы, проведения молекулярной визуализации тканей, идентификации микроорганизмов.
Хроматографическое оборудование позволяет разделять белки и пептиды в составе сложных смесей по ряду параметров, проводить очистку интересующего белка, проводить оценку качества очистки белков и олигонуклеотидов. Анализ биомолекулярных взаимодействий, поиск и ранжирование антител, картирование эпитопов, изучение взаимодействий белков другими белками, малыми молекулами и нуклеиновыми кислотами в растворе проводится на установке использующей эффект поверхностного плазмонного резонанса. Определение скорости диффузии белков, их концентрации и взаимодействия в живых клетках может быть проведено на конфокальном микроскопе, оснащённом для флуоресцентной корреляционной спектроскопии. Определение пространственной структуры изучаемых белков и их комплексов в нативном гидратированном состоянии возможно с использованием метода витрификации на сеточках (bare-grid plunge freeze) и последующей электронной микроскопии с анализом единичных частиц (single particle analysis). Для пробоподготовки образцов к исследованию на сложном аналитическом оборудовании в центре предусмотрено рутинное оборудование для гомогенизации и лизиса образцов, их очистки и концентрации, фракционирования при помощи хроматографии, одномерного и двумерного электрофореза, иммуноблоттинга, препаративного электрофореза. Некоторые задачи структурной протеомики, такие, как исследование с применением рентгено-диффракционного подхода, ядерно-магнитного резонанса, а также задачи, требующие значительных вычислительных ресурсов могут быть решены при помощи оборудования, представленного в других ресурсных центрах СПбГУ. Масс-спектрометрияЖидкостный хромато-масс-спектрометр с электроспрейной ионизацией (ESI) Agilent 6538 UHDМасс-спектрометр с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МАЛДИ, MALDI) Bruker Ultraflextreme Масс-спектрометр сверхвысокого разрешения timsToF Pro 2 (Bruker) timsToF Pro 2 ХроматографияВысокоэффективный полупрепаративный жидкостный хроматограф (ВЭЖХ, HPLC) Waters Breeze Высокоэффективный нанопоточный жидкостный хроматограф (ВЭЖХ, HPLC) Dionex UHPLC+ UltiMate 3000 Nanoflow
Коллектор фракций для нанесения на МАЛДИ-мишени Bruker proteineer fcII Высокоэффективный жидкостный хроматограф Agilent 1260 Хроматографическая полупрепаративная система FPLC BioRad NGC Discovery Биомолекулярные взаимодействияПрибор оценки биомолекулярных взаимодействий методом поверхностного плазмонного резонанся на чипе BioRad ProteOn XPR-36Сканирующий конфокальный микроскоп с мультифотонным возбуждением Leica TCS SP5 MP
Исследование пространственной структуры белков
Просвечивающий электронный микроскоп 40-120 кВ Jeol JEM-1400
|
