Геномика

     Геномика это направление биологии исследующее структуру и функцию нуклеотидных последовательностей геномов живых организмов широком смысле: структурная геномика - последовательность нуклеотидов, наличия их модификаций, взаимодействий с белками, функциональная геномика - реалиация генетической информации, систематическая геномика - использование последовательностей специфических участков ДНК для уточнения систематического положения живых организмов. Ресурсный центр предоставляет возможность секвенирования на нескольких различных платформах. Сэнджеровское (капиллярное) секвенирование - классический метод, позволяющий одновременно проводить небольшое количество сиквенсов. Массивное параллельное секвенирование следующего поколения (NGS) доступно на двух платформах Roche 454 GS Junior и ABI Ion Torrent. В центре имеется оборудование для приготовления библиотек под NGS, в связи с этим, центр консультирует пользователей по возможностям оборудования и разработке подходящего экспериментального дизайна.
     Помимо секвенирования, в центре доступно оборудование для количественного ПЦР (qPCR) и генотипирования. Центр консультирует по выбору подходящей платформы и расходных материалов, также как и по всем аспектам от разработки экспериментального дизайна до анализа данных. Цифровая ПЦР (DD-PCR) лучшим образом подходит для поиска одиночных полиморфизмов (SNP) и количественного ПЦР. Микрофлуидная система высокопроизводительного ПЦР (Fluidigm) является инструментом выбора для проектов, включающих большое количество измерений генной экспрессии.
     Несмотря на бурное развитие направления исследований, отвечающего на вопросы «что?» и «как?» происходит в эксперименте, во многих случаях требуется отвечать на вопрос «где?» — уточнять локализацию описываемых изменений экспрессии генов. Особенно востребована такая задача в биологии развития и нейробиологии. Для реализации этого направления исследований доступна роботизированная платформа для проведения флуоресцентной in-situ гибридизации (FISH). Выделение микроучастков препарата для последующего анализа с максимальной чистотой возможно с использованием бесконтактного комплекса лазерной микродиссекции.
      Важной вехой бурного развития геномики явилась доступность вычислительных ресурсов и появления специализированного программного обеспечения для задач биоинформатики. Для обработки получаемых в ходе количественного ПЦР, высокопроизводительного ПЦР, секвенирования, данных, центр обеспечивает доступ к соответствующим вычислительным ресурсам и программному обеспечению. В случае недостатка имеющихся ресурсов для решения задач пользователи могут оформить заявку на использования оборудования ресурсного центра "Вычислительный центр" СПбГУ.

Секвенирование

Секвенатор каппилярный ABI Prism 3500xl
Пиросеквенатор Roche 454 GS Junior
Секвенатор на основе полупроводникового микрочипа ABI Ion Torrent

ПЦР

Термоциклер BioRad C1000
Термоциклер реального времени BioRad CFX-96

Высокопроизводительная ПЦР 

Микрофлуидная система высокопроизводительного ПЦР Fluidigm BioMarkHD
Система цифрового ПЦР (DD-PCR) BioRad QX-100

Программное обеспечение

Программное обеспечение для сборки контигов, скаффолдов, анализа мутаций и вариантов, систематического родства DNA Star Laser Gene 10

Функциональная геномика

Автоматическая система для проведения FISH, выделения материала Tecan GenePaint Evo 150
Лазерный микродиссектор для выделения проб Leica LMD-7000

Вспомогательное оборудования

Система пульс-электрофореза BioRad CHIEF MAPPER,
Электропоратор BioRad Gene Pulser Xcell
Ультрацентрифуга BC Optima L-100XP
Центрифуга BC Avanti J-30I
Центрифужный концентратор Labconco CentriVap
Каппилярный электрофорез Shimadzu MultiNA
Каппилярный электрофорез Agilent bioanalyzer 2100
Препаративный электрофорез фрагментов нуклеиновых кислот Sage Pippin Prep
Роботизированная система для подготовки к параллельному секвенированию Hamilton REMe STARlet
Роботизированная система для приготовления шаблонов ABI Ion One Touch
Система ультразвуковой фрагментации ДНК Diagenode BioRuptor UCD-200
электрофорез
Установка для гомогенизации проб, MPbiomed The FastPrep 24


Смотрите также оборудование других ресурсных центров СПбГУ: