Протеомика

     Протеомика — исследование белковых молекул, их аминокислотной последовательности, пространственной структуры, посттрансляционных модификаций. В центре это направление представлено оборудованием для масс-спектрометрии, хроматографии, анализа биомолекулярных взаимодействий.
     Имеющееся оборудование для масс-спектрометрии может быть использовано для поисковых и полуколичественых исследований, идентификации одновременно нескольких белков или пептидов в составе сложных смесей, определения аминокислотной последовательности белков, наличия посттрансляционных изменений, выявления и идентификации биомаркеров различной органической природы, проведения молекулярной визуализации тканей, идентификации микроорганизмов.
     Хроматографическое оборудование позволяет разделять белки и пептиды в составе сложных смесей по ряду параметров, проводить очистку интересующего белка, проводить оценку качества очистки белков и олигонуклеотидов.
     Анализ биомолекулярных взаимодействий, поиск и ранжирование антител, картирование эпитопов, изучение взаимодействий белков другими белками, малыми молекулами и нуклеиновыми кислотами в растворе проводится на установке использующей эффект поверхностного плазмонного резонанса. Определение скорости диффузии белков, их концентрации и взаимодействия в живых клетках может быть проведено на конфокальном микроскопе, оснащённом для флуоресцентной корреляционной спектроскопии.
      Определение пространственной структуры изучаемых белков и их комплексов в нативном гидратированном состоянии возможно с использованием метода витрификации на сеточках (bare-grid plunge freeze) и последующей электронной микроскопии с анализом единичных частиц (single particle analysis).
     Для пробоподготовки образцов к исследованию на сложном аналитическом оборудовании в центре предусмотрено рутинное оборудование для гомогенизации и лизиса образцов, их очистки и концентрации, фракционирования при помощи хроматографии, одномерного и двумерного электрофореза, иммуноблоттинга, препаративного электрофореза.
     Некоторые задачи структурной протеомики, такие, как исследование с применением рентгено-диффракционного подхода, ядерно-магнитного резонанса, а также задачи, требующие значительных вычислительных ресурсов могут быть решены при помощи оборудования, представленного в других ресурсных центрах СПбГУ.

Масс-спектрометрия 

Жидкостный хромато-масс-спектрометр с электроспрейной ионизацией (ESI) Agilent  6538 UHD
Масс-спектрометр с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией (МАЛДИ, MALDI) Bruker Ultraflextreme
Масс-спектрометр сверхвысокого разрешения timsToF Pro 2 (Bruker) timsToF Pro 2

Хроматография

Высокоэффективный полупрепаративный жидкостный хроматограф (ВЭЖХ, HPLC) Waters Breeze
Высокоэффективный нанопоточный жидкостный хроматограф (ВЭЖХ, HPLC) Dionex UHPLC+ UltiMate 3000 Nanoflow
Коллектор фракций для нанесения на МАЛДИ-мишени Bruker proteineer fcII
Высокоэффективный жидкостный хроматограф Agilent 1260
Хроматографическая полупрепаративная система  FPLC BioRad NGC Discovery

Биомолекулярные взаимодействия

Прибор оценки биомолекулярных взаимодействий методом поверхностного плазмонного резонанся на чипе BioRad ProteOn XPR-36
Сканирующий конфокальный микроскоп с мультифотонным возбуждением Leica TCS SP5 MP
  • Блок реализации детекции отдельных молекул включая методы времени затухания флуоресценции (FLIM), флуоресцентной корреляционной (FCS) и кросс-корреляционной (FCCS) спектроскопии Leica SMD FLCS

Исследование пространственной структуры белков

Просвечивающий электронный микроскоп 40-120 кВ Jeol JEM-1400
Просвечивающий электронный микроскоп 80-200 кВ Jeol JEM-2100HC
Устройство для витрификации биологических макромолекул и клеточных органелл на сеточках Leica EM GP

Исследование пространственного распределения белков в клетках и тканях

Система автоматического иммунофлуоресцентного окрашивания и постановки FISH Tecan GenePaint EVO 150/4
Система нанесения матричного раствора для молекулярной гистологии Bruker ImagePrep
Вибратом Leica VT1200S,
Прямой микроскоп с оборудованием для лазерной микродиссекции материала Leica LMD 7000

Программное обеспечение

Программное обеспечение для анализа двумерных гелей BioRad PDQuest
Поиск и идентификации пептидов MASCOT
Программное обеспечение для анализа последовательностей белков и сопоставления их с геномной информацией DNAstar lasergene 10

Электрофорез и документация

Высокоразрешающий лазерный сканер гелей GE Typhoon 9500FLA
Денситометр BioRad GS-800
Универсальная система гель-документации BioRad ChemiDoc MP
Препаративный электрофорез BioRad PrepCell
Препаративная изоэлектрофокусировка BioRad Rotofor
Полусухой блоттер BioRad Trans-Blot
Электрофоретическое оборудование блоки питания BioRad PowerPak Universal, BioRad PowerPak HC, камеры BioRad mini-protean
Каппилярный электрофорез (SDS-PAGE на чипе) Agilent bioanalyzer 2100
Устройство для автоматического прецезионного вырезания участков из гелей и мембран BioRad ExQuest

Пробоподготовка

Ультрацентрифуга BC Optima L100-XP 
Ультрацентрифуга BC Optima MAX-XP
Центрифуга BC Avanti J-30I 
Центрифужный концентратор Labconco CentriVap  
Сканирующий спектрофлуориметр Agilent (Varian) Cary Eclipse
Система нанесения матричного раствора для молекулярной гистологии Bruker ImagePrep 
Установка для гомогенизации проб, MPbiomed The FastPrep 24 



Смотрите также оборудование других ресурсных центров СПбГУ: