|
|
|
ABI Ion Torrent
Вниманию пользователей РЦ РМиКТ предлагается один из лидеров рынка секвенаторов следующего поколения, прибор Ion Torrent PGM (Life Technologies), основанный на системе полупроводникового секвенирования. К его основным преимуществам относят высокую скорость чтения (80-100 Mb/час) и наименьшую продолжительность одного запуска (~3 ч), по сравнению с приборами 454 GS Junior (Roche) и MiSeq (Illumina), а также низкую стоимость чтения. К недостаткам следует отнести сравнительно высокий уровень ошибок для одиночных нефильтрованных прочтений. Для прибора существуют чипы различной производительности, позволяющие варьировать глубиной прочтения от 10Мб до 1000 Mb, в зависимости от задач исследования (Loman, N. J. et al. Nature Biotechnol. 2012). Ion Torrent PGM рекомендован производителем для:
- Секвенирования небольших геномов
- Сборки геномов de novo;
- Картирования фрагментов ДНК на референсный геном при ресеквенировании;
- Секвенирования наборов генов
- Изучения экспрессии генов
- Иммуно-преципитации хроматина с последующим секвенированием (ChIP-seq)
- Выявления SNP (единичных полиморфизмов);
- Изучения структурных вариаций (инсерций, делеций, повторов);
- Анализа ампликонов;
- Анализа результатов экспериментов ChIP-Seq (анализ взаимодействия белок-ДНК, хроматин-иммуноперципитация - секвенирование),
- Анализа результатов экспериментов RNA-Seq (анализ транскриптома),
- Анализа результатов экспериментов RIP-Seq (анализ взаимодействия белок-РНК, РНК-иммуноперципитация - секвенирование),
- Анализа результатов экспериментов MeDIP (анализ метилирования ДНК).
Размещение: петергофская площадка
Статус: эксплуатация в режиме тестирования
|
Чип
|
Ожидаемое время секвенирования
|
|
|
|
35 -нуклеотидные прочтения
|
100 -нуклеотидные прочтения
|
200 -нуклеотидные прочтения*
| 400 -нуклеотидные прочтения* |
|
Ion 314™ Chip
|
0,5 ч
|
1,5 ч
|
2,4 ч
| 3,7 ч
|
|
Ion 316™ Chip
|
0,7 ч
|
1,7 ч
|
3,1 ч
| 4,9 ч
|
|
Ion 318™ Chip
|
0,9 ч
|
2,4 ч
|
4,5 ч
| 7,3 ч
|
Чип
|
Ожидаемый выход
|
|
|
35 -нуклеотидные прочтения
|
100 -нуклеотидные прочтения
|
200 -нуклеотидные прочтения*
| 400 -нуклеотидные прочтения* |
| Ion 314™ Chip |
3 Mb
|
10 Mb
|
20 Mb
| 40 Мб
|
| Ion 316™ Chip |
30 Mb
|
100 Mb
|
200 Mb
| 400 Мб
|
| Ion 318™ Chip |
300 Mb
|
500 Mb
|
до 1 GB
| до 2 Gb
|
по данным http://ru-ru.invitrogen.com/site/ru/ru/home/Products-and-Services/Applications/Sequencing/Semiconductor-Sequencing/pgm/specifications.html
200-нуклеотидные прочтения возможны при использовании реагентов для двустороннего (paired-end) чтения; 300 и 400 нуклеотидные прочтения возможны при применении соответствующих наборов
Дополнительно:
Ссылка на сайт производителя
Простота и высокая скорость работы прибора обеспечивается за счёт того, что изменение pH при естественной реакции полимеризации сразу преобразуется в нуклеотидную последовательность. Ion Torrent™ не использует ферментативных каскадов, флуоресценции или хемилюминесценции, он не содержит оптических узлов.
В приборе используются микрочипы, содержащие высокоплотную матрицу микроячеек для биохимических реакций. Каждая ячейка имеет датчик ионов (pH-метр). В каждой ячейке проходит секвенирование одного молекулярного клона ДНК путём синтеза комплементарной цепи ДНК-полимеразой. При встраивании полимеразой нуклеотида в молекулу ДНК происходит высвобождение иона водорода. Изменение pH фиксируется датчиком и преобразуется в сигнал. При встраивании подряд сразу нескольких одинаковых нуклеотидов количество высвободившихся ионов пропорционально увеличивается. По силе сигнала судят о количестве встроившихся за один шаг одинаковых нуклеотидов. Таким образом, через микрочип в известной последовательности пропускают нуклеотиды и для каждой ячейки фиксируют количество встроившихся нуклеотидов по изменению pH.
|
|
